O IMO, anteriormente conhecido como SIBO metanogênico, é caracterizado pelo crescimento excessivo de microrganismos produtores de metano no intestino delgado. Diferentemente do SIBO tradicional, que envolve principalmente bactérias produtoras de hidrogênio, o IMO está relacionado ao aumento de arqueias metanogênicas, especialmente a Methanobrevibacter smithii.